Knygos muziejus F. Bajoraičio viešojoje bibliotekoje buvo įkurtas 1990 m., minint Šilutės centrinės bibliotekos 45-metį. Tai pirmasis toks muziejus Lietuvoje. Jo įkūrimo idėja priklauso bibliotekos direktorei D. Užpelkienei. Pagrindinės šio muziejaus veiklos kryptys: kaupti pažintinę medžiagą vietos kraštotyrininkams, bibliofilams, istorikams ir kt. skaitytojams, besidomintiems savitu Mažosios Lietuvos regionu – Šilute, ir naudoti ją informacijos tikslams, sugrąžinti į biblioteką senus spaudinius, vadintus geltonąja literatūra, pažymėtus grifu „Tarnybiniam naudojimui…“ ir išimtus iš fondų pagal įvairių instancijų nurodymus, taip pat surinkti lietuvių literatūros klasikų visų leidimų knygas. Muziejuje yra spaudinių įvairiomis kalbomis, gautų labdaros būdu ir dovanotų užsienyje gyvenančių lietuvių, bibliotekų, pavienių asmenų. Fonduose sukaupti 2962 egzemplioriai senų ir retų spaudinių, periodinių leidinių. Dauguma jų buvo įsigyta Klaipėdos antikvarinių ir bukinistinių leidinių aukcione, gauta iš Nacionalinės M. Mažvydo bibliotekos.

Iš vertingiausių senųjų knygų minėtinos šios: kunigo Kazimiero Jasėno „Visuotinė meno istorija“ (išleista Mintaujoje (dabar Jelgava), 1936); „Kariagos aidai“ – dainų rinkinėlis Tėvynės gynėjams (išspausdintas Tilžėje, Otto von Mauderodės spaustuvėje, 1920); „Lietuviškoji enciklopedija“, 1-9 tomai (pradėta leisti Kaune, 1933); „Lietuvių enciklopedija“, 1-36 tomai (išleista Bostone, 1953-1969).

Knygos muziejaus fonduose saugomi vertingiausi kraštotyrinio pobūdžio leidiniai: „Naujos giesmės arba evangeliški psalmai…“ (išleista Heydekrug (dabar Šilutė), Otto Sekunnos spaustuvėje, 1898); K. Kapelerio „Kaip senėji Lėtuvininkai gyveno“ (išleista Heidelberge (Vokietija ), 1904 ); „XXVII knygos mėgėjų metraštis“ (Kaunas, 1 tomas - 1933, 2 tomas - 1937 ).Fonduose yra 19 knygų kolekcijų. Gausiausia – Siegfried Ludszuweit (Vokietija) knygų vokiečių kalba kolekcija. Kitas kolekcijas dovanojo išeiviai ir kiti asmenys, gyvenantys užsienyje: Aldona Kemėžytė-Gailius (Kanada), Elena Bacevičius (JAV), Kęstutis Jauniškis (JAV), Marta Ruikis (JAV), Agutė Tiškuvienė (JAV), Stasė Čilvinaitė-Ketarauskienė-Bajalis (JAV), Sofija Salys (JAV), Viktoras Baltutis (Australija), Aldona Gustas (Vokietija) ir kt.Atskiras knygų kolekcijas sudaro Ljungby (Švedija) savivaldos, Nakskovo (Danija) miesto, kitų užsienio šalių ir Lietuvos bibliotekų dovanoti spaudiniai. Knygų kolekcijas dovanojo ir Pamario gyventojai. Ypač vertinga Petro Jakšto (Šilutė) publikuotų ir nepublikuotų, rankraštinių ir spausdintų darbų kolekcija apie Šilutės miesto ir apskrities istoriją bei ilgametės bibliotekininkės Jadvygos Verpečinskienės (Žemaičių Naumiestis), šilutiškių Stefanijos Zairienės ir Bronės Zenkevičienės senųjų knygų kolekcijos.Knygos muziejuje kaupiamos ir saugomos knygos su bibliotekos svečių - literatų, mokslininkų, politikų, autografais. Leidinius su autografais dovanojo poetai ir rašytojai Just. Marcinkevičius, A. Zurba, V. Bubnys, J. Erlickas, J. Strielkūnas ir kt. Be knygų ir periodinių leidinių, Knygos muziejuje saugoma virš 800 eksponatų: paveikslų, albumų, suvenyrų ir kt. Žymi dalis eksponatų - Lietuvos ir užsienio dailininkų dovanoti įvairios tematikos ekslibrisai (455 egz.). Kaupiami bibliotekoje rengtų renginių aprašymai, fotonuotraukos, vaizdajuostės, garso įrašų kasetės, F. Bajoraičio viešosios bibliotekos leidyklos „Prūsija“ išleisti leidiniai, kvietimai, bukletai, kitų organizacijų atsiųsti dokumentai, fotokopijos. Muziejuje yra daug rankraštinės medžiagos: susirašinėjimo laiškai su kraštiečiais, išeivija, užsienio bibliotekomis, sveikinimo atvirukai ir kt.

Fonduose saugoma, sisteminama ir nuolat papildoma informacinė medžiaga apie XV–XIX a. pr. Mažosios Lietuvos kultūros ir visuomenės veikėjus, kraštiečius, išeiviją, Šilutės rajono istoriją ir nūdieną.

Dalį fondo sudaro Vydūno leidiniai ir medžiaga apie jį, kaupiama, sisteminama ir eksponuojama Knygos muziejuje.

Bibliofilo Petro Jakšto knygų kolekcija, dovanota viešosios bibliotekos Knygos muziejui

Vydūnu (1868 03 22 – 1953 02 20) susidomėta neatsitiktinai. Mažosios Lietuvos kultūros veikėjo, rašytojo, filosofo, švietėjo, muziko gimtinė – Jonaičių kaime, Šilutės apskrityje. Kurį laiką Vydūno gyvenimas buvo susijęs su Kintais (Šilutės raj.), kur jis, baigęs Ragainės mokytojų seminariją, buvo paskirtas dirbti mokytoju pradinėje mokykloje (nuo 1888 iki 1892). Paskutinė jo gyvenamoji vieta buvo Detmoldas (Vokietija). 1991 m. spalio 19 d. Vydūno palaikai perlaidoti Bitėnuose, prie Rambyno kalno esančiose lietuvininkų kapinaitėse. Šilutės kraštą su Vydūnu sieja dar ir tai, jog Vydūnas su giedotojų draugijos nariais yra lankęsis Šilutėje, Rusnėje, dirigavęs chorui. Šie faktai ir paskatino Knygos muziejuje kaupti medžiagą apie Vydūną, sudarant galimybes Pamario bei kitų Lietuvos regionų gyventojams artimiau pažinti žymų kraštietį ir jo kūrybą. Knygos muziejuje saugomos knygos, dabartinės spaudos kopijos apie Vydūno gyvenimą ir kūrybą, fotonuotraukos, asmeninių dokumentų, rankraščių, laiškų, jo leistų laikraščių ir žurnalų, vadovėlių fotokopijos, kvietimai, bukletai ir kita medžiaga. Fotonuotraukose įamžintos akimirkos iš Vydūnui skirtų renginių. Fonde yra rašytojo kūrinių, išleistų Tilžėje jam gyvam esant, bei knygų, išspausdintų jau po mirties. Iš viso saugomi 31 pavadinimo 52 Vydūno knygų egzemplioriai. Pačios seniausios knygos, išleistos Tilžėje: „Numanė“ (1911), „Sigutė“ (1914), „Žmonijos kelias“ (1914), „Ragana“ (1918), „Vergai ir Dikiai“ (1919). 1993 m. Šilutės F. Bajoraičio viešojoje bibliotekoje buvo surengtas tarptautinis ekslibrisų konkursas „Vydūnui-125“. Mažosios grafikos kūrėjai Knygos muziejui padovanojo 211 Vydūnui skirtų ekslibrisų. Tais pačiais metais muziejuje pradėti eksponuoti Vydūno portretai. Portretų kolekciją sudaro 57 fotonuotraukos, kuriose Vydūnas įamžintas skirtingais gyvenimo tarpsniais (nuo 1868 iki 1953). Nuolat veikia ekspozicija „Vydūnas ir jo aplinkos žmonės“. Joje galima išvysti fotonuotraukas, kuriose užfiksuoti Vydūno gyvenimo momentai, kultūrinė veikla Kintuose, Klaipėdoje, Tilžėje, Detmolde. Kitos fotonuotraukos mena Vydūno tėvus, brolius, su juo bendravusius žmones (M. Raišukytę, J. Balčiauską, F. Bajoraitį, P. Jakštą ir kt.). Prie fotonuotraukų pateikiami trumpi šių žmonių gyvenimo aprašymai. Vydūno protėvių dokumentų faksimiles atsiuntė Vydūno giminaitis iš Zalcgiterio miesto (Vokietija) Georgas Haris Ašmonas. Filosofas, Vydūno draugijos pirmininkas Vacys Bagdonavičius padovanojo Vydūno kapo Detmolde kopiją. Saugoma daug fotonuotraukų apie Vydūno palaikų sugrąžinimą į Lietuvą. 2001 m. fondą papildė Z. Putilovo sukurta medžiaga (vaizdajuostė) apie Vydūną „Tamsoje būti šviesa“. Į Knygos muziejų dažnai užsuka Šilutės mokyklų moksleiviai, mokytojai, kiti šviesuoliai, siekiantys pažinti ir suprasti Vydūną.